中高6年一貫教育の編成
基礎力養成期（中学1・2年）
6年間を大きく左右する学習のスタイルづくりに重点を置いた指導を行います。特に国語、英語、数学の3教科の学習に充分な時間を費やし、授業時間数も豊富に設定しています。中学1・2年生では、数学において計算力の育成とレベルの高い問題へのチャレンジによる思考力を育成します。
放課後は、数学・英語を中心に、理解が不十分な所をおぎなう「補充学習」や、より発展的な内容を取り扱う「発展学習」を希望者に行います。この取り組みは中学3年生まで続きます。
1年間の指導を通じて、早稲田佐賀での生活に必要なルールとお互いを認め合う気持ちを学びます。学習面では、授業の受け方や家庭学習(寮学習)の習慣を身につけ、基礎学力の定着をはかります。
日々の授業を大切にすることを再確認し、培った基礎学力を応用させる力を身に付けます。授業や総合学習を通じて視野を広げ、自分と社会の関わりや自分の将来について考える姿勢を身に付けます。
応用力養成期（中学3年 / 高校1年）
内部進学の生徒に対しては、高等学校の授業内容を進めます。
なお、早稲田佐賀中学校から早稲田佐賀高等学校へ進学するには、本校の基準（学力等）を満たす必要があります。
中学3年生では高校受験のない利点を生かし、1つのテーマを絞り込んで研究・発表する「卒業研究」に取り組みます。
高校1年生から難関国立大学、医歯薬系大学志望者のための難関大受験クラスを設置し、早期からレベルの高い問題を意識した授業展開を行います。
中学校最上級生としての自覚を持ち、クラブや委員会活動、学校行事等でリーダーシップを発揮する立場を経験します。学習面では一部の教科が高校内容に入り、大学入試を意識した授業になります。
進路目標を明確化し、進路実現の素地をつくります。国語・英語・数学を中心に基礎的な学力を育成すると共に全ての教科や科目に対し、深い興味や関心を持てる授業を展開します。
実践力充実期（高校2年・3年）
高校2・3年生は、文系・理系に分かれて実践力を身につけます。学力的にも精神的にもステップアップする時期です。
難関国立大学、医歯薬系大学志望者のための難関大受験クラスを設置しています。
早稲田大学への推薦枠の活用はもちろん、生徒の個性を尊重する学習指導も徹底して行います。
早稲田大学をはじめとする難関大学や医・歯・薬系大学・学部進路に必要な幅広い学力と思考力を育成します。学部説明会や模擬講義などでさらなる進路意識を高めます。
卒業後の進路目標実現を目指し、更なる学力養成のための演習授業や特別補習、外部講師を招いた小論文や共通テスト対策講座等を行います。
高校から入学する生徒への学力フォロー 授業時間の十分な確保により、一層の学力向上を目指します。
高校１年生では、中学校からの入学生との授業進度を調整するため、通常授業の中で教科によってはクラスを分けて授業を行なっています。十分な学習時間を確保し、本校のカリキュラムにスムーズに移行できるよう一人ひとりの学力の向上をバックアップします。